Unter Immobilisierung versteht man die Festlegung von Düngerstickstoff durch Mikroorganismen. Diese nutzen bevorzugt den Ammonium-N (aus dem Harnstoff) zum Aufbau körpereigener Eiweiße. Die Mikroorganismen stellen damit eine Konkurrenz zu den Pflanzen dar. In Phasen, in denen die Pflanzenwurzeln noch sehr klein sind (Frühjahr) besteht deshalb die Gefahr, dass ein Teil des gedüngten Ammonium-N (Harnstoff) festgelegt wird. Dieser Stickstoff wird nur teilweise im Laufe der Vegetationsperiode wieder für die Pflanze verfügbar. Dieser Effekt wird bei hohem Besatz an organischer Substanz noch verstärkt, was z.B. bei Mulchsaat der Fall ist. Immobilisation wird daher auch von Experten als eine der Hauptursachen für die oft schlechte Wirkung von AHL (feine Verteilung) im Gegensatz zu festen, gekörnten Düngern gesehen. Gerade bei konservierender Bodenbearbeitung sollten daher eher feste N-Dünger eingesetzt werden, damit vor allem zu Vegetationsbeginn eine ausreichende Versorgung des Pflanzenbestandes sichergestellt wird. Weiterhin ist bei konservierender Bodenbearbeitung und der damit verbundenen langsamen Bodenerwärmung der Einsatz schnell wirkender N-Dünger zur ersten Gabe sinnvoll.